Les missions du service sont orientées autour des 5 principaux enjeux maritimes du territoire qui sont :
- Les habitats naturels constitués par les herbiers marins (Posidonie et Cymodocée), mais aussi les habitats rocheux et sableux
- La Qualité de l’eau
- Les Cétacés et les Tortues marines
- Les espèces patrimoniales et réglementées (Corbs, mérous, grandes nacres, grandes cigales…)
- Les autres espèces non réglementées mais nécessaires à l’équilibre des écosystèmes (poissons, crustacés, mollusques, faune fixée, flore marine…)
Le principe de base est le suivi et la connaissance de ces 5 enjeux.
A cela se greffent des actions de suivis des pressions qui impactent ces enjeux et le cas échéant des actions de réduction/suppression des pressions afin de parvenir à la conservation, voire la restauration des enjeux.